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对有肺栓塞风险因子的患者可以预防肺栓塞的发生。入院的患者可接受预防性的药物治疗，包括普通肝素、低分子肝素或磺达肝素，使用抗血栓的医用弹力袜来减少腿部深静脉血栓风险，后者可崩解脱落移至肺部。
前面肺栓塞在完成华法林治疗后，长期服用阿司匹林对预防复发有用。
肺栓塞de治疗
抗凝是主要的治疗。还需要支持性治疗，如给氧或镇痛。患者常在治疗早期阶段住院，对于选择服用华法林的患者，INR要达到治疗性水平。
抗凝
通常抗凝是主要治疗。首先应用普通肝素、低分子肝素或磺达肝素，然后开始华法林、醋硝香豆素或苯丙香豆素治疗。根据随机对照的试验结果，相对于普通肝素，低分子肝素可以减少肺动脉栓塞患者的出血，而且与普通肝素比较，低分子肝素可减少复发血栓并发症的发生率并降低血栓大小。使用低分子肝素与普通肝素治疗，在整体死亡率上无差异。
华法林治疗常需要频繁地调整剂量并监测国际标准化比值（INR）。在肺动脉栓塞，INR值位于2.0和3.0之间一般被认为是理想的。如果在华法林治疗下发生另一次肺栓塞，可将INR窗口增至像2.5至3.5之间（除非有禁忌症），或者改为另一种抗凝剂，如低分子肝素。
在有潜在恶性疾病的患者，低分子肝素疗程要优于华法林，低分子肝素治疗持续六个月，此时再决定是否需要持续治疗。
同样，孕妇常用低分子肝素维持直至分娩后至少六周时间，可避免华法林的致畸作用，尤其是在怀孕早期。
华法林常持续三至六个月，或终身使用，后者是对于那些既往有深静脉血栓或肺栓塞的患者，或对于那些无一般风险因子的患者（导致深静脉血栓形成的病因不明）。在不明原因首次发生肺动脉栓塞的患者中，在治疗结束时一个异常的D-二聚体水平可能传递了需要继续治疗的讯号。对于那些小肺栓塞（亚段肺栓塞），抗凝治疗的效果不明（缺乏合适的研究数据）。
溶栓治疗
大规模肺栓塞（肺动脉栓塞范围广）导致血流动力学不稳定（休克和/或低血压，如收缩压低于90毫米汞柱或血压下降40毫米汞柱超过十五分钟，不是由新发心律失常、低血容量或脓毒症导致）是溶栓治疗的适应症，溶栓治疗即用药物对血栓行酶促摧毁。在这种情况下，对于那些无禁忌症的患者，溶栓治疗是可提供的最佳治疗，有临床指南支持。对于已明确肺栓塞的心搏停止患者，也推荐行溶栓治疗。
对于大规模的肺栓塞患者，导管溶栓相对安全有效。该技术涉及经腹股沟部位的静脉将溶栓导管插入，在荧光影像引导下将导管导入至肺循环内紧挨着肺栓塞血栓。溶栓药物经导管输入，在肺栓子局部形成最高浓度的溶栓药物，溶栓效果较好且副作用较轻。在合适的病例，经导管局部溶栓可用作一线治疗方案，经导管超声溶栓也在研究进行中。
对于栓塞范围不大的肺动脉栓塞是否要进行溶栓治疗，仍存在争议。有研究发现溶栓治疗降低死亡风险并增加含颅内出血的出血风险，但也有研究发现未降低死亡风险。
下腔静脉滤器
在两种情况下，腔静脉滤器被认为是有益的：1）存在抗凝禁忌（例如大手术之后不久）；或2）尽管在接受抗凝治疗却发生肺栓塞。在这些情况下，可置入腔静脉滤器以防止新的或现有深静脉血栓发生脱落导致肺动脉栓塞并或与现有的肺栓子结合。尽管滤器在理论有防止肺栓塞的优势，但仍需进一步研究其有效性。
一旦抗凝治疗可以安全开始，应尽早移除下腔静脉滤器。尽管现代化滤器可被回收，一些并发症可妨碍滤器的移除。
永久性滤器的长期安全性有待观察研究。
外科手术
用手术方法治疗急性肺栓塞（肺血栓切除）罕见，并且很大程度上已被摈弃，这是由于该方法长期疗效不佳。然而，最近又出现用改进的手术技术来治疗，并被认为对特定的患者有益。慢性肺栓塞导致肺动脉高压，可用外科手术——肺动脉血栓内膜剥脱术来治疗。
预后
在症状出现后第一个小时，少于百分之五至十的有症状的肺栓塞是致命的。
有数种标志用于风险分层，并且还是不良预后的独立预测因子，包括低血压、心源性休克、晕厥、右心功能不全的证据、升高的心肌酶。一些心电图改变包括S1Q3T3也与更坏的短期预后相关。其他患者相关的因子诸如慢性阻塞性肺疾病和慢性心衰被认为也与预后有关。
预后取决于受累的的肺量以及合并存在的其他医疗情况。慢性肺栓塞导致肺高压。
在较大规模（范围）的肺栓塞发生后，必须要用某种方法将栓子溶解掉患者才可能生存。在血栓性肺栓塞，血栓可被纤溶崩解，或可被组织并再通形成一个穿过血栓的新的通道。肺栓塞后第一或二天血流恢复最快看，这之后改善缓慢并会永久留下缺陷。对于小的亚段的肺栓塞是否需要治疗存在争论，有些证据表明亚段肺栓塞患者不治疗也表现可以。
一旦抗凝终止，发生致命肺栓塞的风险是每年百分之零点五。
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医院西院区摄影师：崔丹丹
医院西院区摄影：Lyu,Ping
医院西院区摄影师：金煦
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