PVT可发生于10%的肝硬化患者并常并发于肝细胞癌病例。PVT还可发生于妊娠(特别是子痫患者)和引起门静脉淤血的患者(如肝静脉阻塞，慢性心力衰竭，缩窄性心包炎)。胰腺，胃或其他部位肿瘤侵袭门静脉时也可引起PVT。与Budd-Chiari综合征相似，有血栓形成倾向的血液学情况也可导致PVT。它也可见于肝胆手术或脾脏切除术后。
1.血液流变学变化
门静脉系统是没有瓣膜的静脉系统，门静脉主干长约6~8cm，其为肝脏提供了75%的血液来源，正常流速为25cm/s。在肝硬化患者中，由于肝脏纤维组织增生及小叶结构重构，导致门静脉回流受阻。Zocco等发现门静脉血流速度减缓是PVT唯一重要的危险因素，门静脉血液流速低于15cm/s可以预测PVT的发生，其敏感度为85.7%，特异度为78.0%。PVT又会加重门静脉高压，阻碍门静脉血液回流，降低血液流速，进一步加重PVT。
2.凝血与抗凝的再平衡
人体内存在促凝与抗凝两大系统，促凝系统主要包括血小板、血管性血友病因子以及凝血因子Ⅱ、Ⅶ、Ⅸ、Ⅹ、Ⅴ、Ⅺ、Ⅷ，而抗凝系统主要为蛋白C系统、抗凝血酶Ⅲ，其中蛋白C系统主要包括蛋白C和蛋白S，蛋白C占全血抗凝活力的20%~30%。两大系统相互制衡，在正常人体中处于一种平衡的状态。
肝硬化患者的凝血因子Ⅱ、Ⅶ、Ⅸ、Ⅹ、Ⅴ、Ⅺ的合成减少，可以最直接反映在凝血检查中PT的延长以及PT的国际标准化比值（INR）上，也可以影响活化部分凝血活酶时间的延长，但程度不如PT和INR明显。
因此，临床上通过对凝血功能的检查发现PT、活化部分凝血活酶时间的延长，往往判断患者有极高的出血倾向。然而，事实上患者并没有这么明显自发出血倾向，相反PVT并不少见。
肝硬化患者在凝血系统有自身的补偿机制，在一般情况下是不会轻易发生自发性出血或者血栓形成的，但是这种低水平状态下的再平衡容易被打破。肝硬化患者血液是低凝状态这一传统观点已经改变，现在的观点认为肝硬化患者血液呈高凝状态，存在凝血异常。血液高凝状态不仅与PVT的发生明显相关，还会促进肝纤维化。因此，临床上需要更客观全面地进行凝血相关检测，以了解肝硬化患者的凝血状态，而不能仅依靠目前临床上常规检查中的PT、活化部分凝血活酶时间及INR等指标。
3.脾切除与PVT
脾切除是PVT的重要原因，已有的研究表明脾切除术后PVT的发生率为20%~80%。脾切除术是临床上改善肝硬化脾功能亢进的常规治疗方法，但术后PVT的发生率高，是该手术最常见的并发症。
对脾切除患者术后是否进行抗凝治疗以及如何进行抗凝治疗仍无共识，总的来说术后采用抗凝治疗的患者较少，这也是患者术后PVT高发的原因。
目前，如无必要情况，采用部分脾动脉栓塞术可以对患有更为理想的帮助，视为一种损伤更小的治疗方式。
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